Stephan blev gift med Anne Margrethe Wettersteen 8 jan. 1749 i I Huuset i Prinsensgade på Christianshavn, København, Vor Frelsers sogn, Sokkelund herred, Københavns amt. Anne døde 3 maj 1764. [Gruppeskema]

1. Christian Heegaard blev født omk 1751; døde Ja.
2. Christiane Henriette Heegaard blev født omk 1752; døde Ja.
3. Lars Thorsen Heegaard blev født jan. 1753 i Præstø sogn, Bårse herred, Præstø amt; blev døbt 17 jan. 1753 i Præstø kirke og sogn, Bårse herred, Præstø amt; døde Ja.
4. Anne Marie Heegaard blev født apr. 1754 i Præstø sogn, Bårse herred, Præstø amt; blev døbt 15 apr. 1754 i Præstø kirke og sogn, Bårse herred, Præstø amt; døde Ja.
5. Lars Thor Wettersteen Heegaard blev født maj 1755 i Præstø sogn, Bårse herred, Præstø amt; blev døbt 19 maj 1755 i Præstø kirke og sogn, Bårse herred, Præstø amt; døde Ja.
6. Kirstine Margrethe Heegaard blev født omk 1761; døde Ja.

Stephan blev gift med Sophie Poulsdatter Faber 1765. Sophie (datter af Poul Mathiesen Faber og Margrethe Cathrine Anchersdatter) blev født 1734; døde feb. 1798 i Nordby Præstegård, Nordby sogn, Samsø herred, Holbæk amt; blev begravet 1 mar. 1798 i Nordby kirkegård og sogn, Samsø herred, Holbæk amt. [Gruppeskema]

1. Poul Henrik Heegaard blev født nov. 1766; døde 14 nov. 1835 i Nordby Præstegård, Nordby sogn, Samsø herred, Holbæk amt; blev begravet 20 nov. 1835 i Nordby kirkegård og sogn, Samsø herred, Holbæk amt.
2. Johanne Margrethe Heegaard blev født 1769; døde ja.
3. Ingeborg Kirstine Heegaard blev født 1771; døde Ja.
4. Matthias Ancher Heegaard blev født jan. 1776 i Stubbekøbing sogn, Falsters Nørre herred, Maribo amt; blev døbt 22 jan. 1776 i Hjemmedøbt; døde Ja.